Instytut Fizyki

KontaktGrudziądzka 5, 87-100 Toruń
tel.: +48 56 611 3310
e-mail: ifiz@fizyka.umk.pl

Pracownia Biofizyki Teoretycznej i Bioinformatyki

Numery sal: B.2.02 i C.1.03
Lokalizacja: Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej, ul. Grudziądzka 5/7, 87-100 Toruń

Opiekun pracowni: prof. dr hab. Wiesław Nowak

W pracowni wykonywane są głównie ćwiczenia z zakresu modelowania molekularnego biomolekuł. Wykorzystywane są metody, m.in., dynamiki molekularnej, dokowania ligandów do białek, wirtualnego przeszukiwania związków chemicznych – potencjalnych leków. Wykonywane są proste obliczenia kwantowochemiczne (ArgusLab, Gaussian). Badane są modelowe układy ilustrujące np. sposób obliczania nanomechanicznej wytrzymałości biopolimerów (fibroina z nici chruścika), oddziaływania przeciwciało-białko, dynamika nanorurek węglowych, białka hemowe czy modelowe enzymy.

Pracownia służy realizacji prac dyplomowych i doktorskich. W pracowni obowiązują ogólne zasady BHP, wynikające ze szkoleń organizowanych na UMK.

Podstawowe programy (open source):

VMD – Visual Molecular Dynamics

NAMD – Nanoscale Molecular Dynamics (dawniej Not Another Molecular Dynamics Program)

AutoDock 4.2

Programy komercyjne:

Yasara

Gaussian 09 and GaussView

Scigress

Schroedinger Inc.

Sprzęt:

4 wydajne stacje graficzne (Linux/Windows) wyposażone w okulary stereo

Manipulatory 6DoF