Instytut Fizyki

KontaktGrudziądzka 5, 87-100 Toruń
tel.: +48 56 611 3310
fax: +48 56 622 5397
e-mail: ifiz@fizyka.umk.pl

Pracownia Biofizyki Teoretycznej i Bioinformatyki

Kierownik:

Prof. dr hab. Wiesław Nowak

Opis pracowni:

W pracowni, zlokalizowanej w salach 573 i 2.05 wykonywane są głównie ćwiczenia z zakresu modelowania molekularnego biomolekuł.  Wykorzystywane są metody, m.in., dynamiki molekularnej, dokowania ligandów do białek, wirtualnego przeszukiwania związków chemicznych – potencjalnych leków. Wykonywane są proste obliczenia kwantowochemiczne (ArgusLab, Gaussian). Badane są modelowe układy ilustrujące np. sposób obliczania nanomechanicznej wytrzymałości biopolimerów (fibroina z nici chruścika), oddziaływania przeciwciało-białko, dynamika nanorurek węglowych, białka hemowe czy modelowe enzymy.

Pracownia służy realizacji prac dyplomowych i doktorskich.

Podstawowe programy (open source):

VMD – Visual Molecular Dynamics

NAMD – Nanoscale Molecular Dynamics (dawniej Not Another Molecular Dynamics Program)

AutoDock 4.2

Programy komercyjne:

Yasara

Gaussian 09 and GaussView

Scigress

Schroedinger Inc.

Sprzęt:

4 wydajne stacje graficzne (Linux/Windows) wyposażone w okulary stereo

Manipulatory 6DoF

Mały linuxowy klaster do obliczeń równoległych (COK)

 

kontakt: wiesiek [at] fizyka.umk.pl