Kierownik:
Prof. dr hab. Wiesław Nowak
Opis pracowni:
W pracowni, zlokalizowanej w salach 573 i 2.05 wykonywane są głównie ćwiczenia z zakresu modelowania molekularnego biomolekuł. Wykorzystywane są metody, m.in., dynamiki molekularnej, dokowania ligandów do białek, wirtualnego przeszukiwania związków chemicznych – potencjalnych leków. Wykonywane są proste obliczenia kwantowochemiczne (ArgusLab, Gaussian). Badane są modelowe układy ilustrujące np. sposób obliczania nanomechanicznej wytrzymałości biopolimerów (fibroina z nici chruścika), oddziaływania przeciwciało-białko, dynamika nanorurek węglowych, białka hemowe czy modelowe enzymy.
Pracownia służy realizacji prac dyplomowych i doktorskich.
Podstawowe programy (open source):
VMD – Visual Molecular Dynamics
NAMD – Nanoscale Molecular Dynamics (dawniej Not Another Molecular Dynamics Program)
Programy komercyjne:
Yasara
Gaussian 09 and GaussView
Scigress
Schroedinger Inc.
Sprzęt:
4 wydajne stacje graficzne (Linux/Windows) wyposażone w okulary stereo
Manipulatory 6DoF
Mały linuxowy klaster do obliczeń równoległych (COK)
kontakt: wiesiek [at] fizyka.umk.pl